Php mod

Если у Вас используется php как модуль apache, то все скрипты выполняются от имени одного общего пользователя (чаще всего nobody).

Соответственно, при создание файла, php скрипт поставит владельца также nobody.

Если правами по умолчанию запрещены действия по удалению файлов, то это будет запрещено, когда Вы работаете через ftp под правами пользователя.

Решение проблемы может быть в том, что скрипт после копирования будет выставлять правильные права и владельца.